▶ 研究团队历经13年攻关，对来自石峁遗址、周边遗址及晋南地区共169例古代人骨样本展开大规模、高分辨率的核基因组研究，揭示了石峁人群的遗传源流与社会组织结构。
▶ 石峁人群的主体人群是源自陕北本地的仰韶晚期人群，显示出清晰的遗传连续性，从基因层面上实证了石峁文化的深厚本土根基。
▶ 作为农业交错区的核心都邑，石峁人群与黄河流域、中原地区、北方草原和南方沿海的农牧业人群都存在不同程度的遗传交流，特别是和与石峁文化密切相关的陶寺文化人群在遗传结构上高度同源。
▶ 石峁社会已经形成了以父系血缘，实现了女性外婚制，以及以父系主导的居住规则的阶层化社会。
4000年前的石峁古城，先民从何而来？社会如何运转？近日，《石峁古城古DNA揭秘新石器时代中国地区亲缘关系习俗》在《自然》（Nature）杂志上线发表。这项由中国科学院古脊椎动物与古人类研究所付巧妹科研团队与陕西省考古研究院等单位完成的研究成果，被专家评价为“揭示了中国早期文明的新证据链”。
日前，国家文物局举行的新闻发布会披露，该研究团队历经13年攻关，对来自石峁遗址、周边遗址及晋南地区共169例古代人骨样本展开大规模、高分辨率的核基因组研究，揭示了石峁人群的遗传源流与社会组织结构。
石峁遗址，地处黄土高原与毛乌素沙地的交界带，是中国已知规模最大的史前城址。其复杂的城防布局、多元的祭祀遗迹与高等级的文物遗存，展现出典型的早期国家形态与高度的社会复杂化程度，是探索中华文明深厚根基的重要证据。然而，关于该遗址及相关文化人群的遗传来源，与周边黄河流域、草原人群之间的联系及其采取的社会组织形式等科学问题长期处于争议。
付巧妹解读了研究团队取得的3项重大发现。研究首次实现了精准溯源，揭示了石峁人群本土根基和多元融合的格局。研究表明石峁人群的主体人群是源自陕北本地的仰韶晚期人群，显示出清晰的遗传连续性，从基因层面实证了石峁文化的深厚本土根基。同时研究在少数个体中检测到了来自北方草原地区的裕民成分的相关人群，以及南方沿海稻作农业人群的遗传成分，生动地勾勒出石峁文化及人群主干清晰、多元交融的动态图景，并客观印证了中华文明自起源阶段就具有多元一体、兼收并蓄的宏大格局。
研究首次厘清了交流模式，辨析人群交流与文化互动上的差异性路径。研究表明，作为农业交错区的核心都邑，石峁人群与黄河流域、中原地区、北方草原和南方沿海的农牧业人群都存在不同程度的遗传交流，特别是和与石峁文化密切相关的陶寺文化人群在遗传结构上高度同源。然而，石峁遗址发现的欧亚草原等相关外来文化元素，并没有伴随人群迁徙和交流，这表明这些外来元素更可能是通过贸易和技术传播等路径传入的。这种基因与文化的不同演化模式，反映了石峁不仅是区域性的政治、军事中心，更可能是史前时期的跨区域互动、高度开放的文化与贸易枢纽。
研究首次透视了社会结构，重建了早期国家的亲缘纽带与社会组织结构。石峁遗址中存在多样的人祭或人殉现象，为研究早期社会组织结构提供了重要窗口。本研究是全球范围内首次从遗传学角度，对如此大规模、高复杂性的史前都邑进行研究，尤其是针对东亚的社会结构的探索研究——通过不同墓葬人群与殉人的遗传特点，重建出墓主人之间跨越四代的家族谱系。研究揭示，石峁社会已经形成了以父系血缘，实现了女性外婚制，以及以父系主导的居住规则的阶层化社会。
此外，外城东门的人头坑，没有体现出以女性为主的人祭模式。而在石峁的皇城台墓地以及内城的韩家圪旦墓地则相反，这些墓地殉葬者几乎都为女性，且与墓主人之间没有明显的亲缘关系。后者代表了石峁文化显著的阶层分化模式，这将石峁从一个宏大的物质遗存复现为一个鲜活的社会实体，为理解早期国家的权力构架和社会组织模式提供了前所未有的微观视角和社会组织范本。
近年来，利用古DNA揭示大型聚落的亲缘谱系和社会组织结构，已成为古遗传学的前沿领域。然而，要精确解读一个大型聚落的亲缘关系网络，不仅要求足量的代表性样本与高覆盖率的古基因组数据，更需在深度整合聚落结构、墓葬形制、随葬品、居住址等多维度考古学信息的基础上进行复杂的数据建模分析。
长达13年的研究，背后是田野考古与科技考古的深度协同。“除了研究本身，从2012年开始，我们持续不断地与发掘进行配合，把科学阐释做得全面。”付巧妹回顾，“我们对整个项目进行了设计，除了石峁遗址以外，还比较同时期的遗址，希望在时间纵轴上去追源，发现石峁人群跟以前的人群的关系，最终解答石峁人群的来源。”研究在时间上纵向纳入了比石峁早约1000年的五庄果墚遗址等，空间上将晋南地区的陶寺遗址等纳入对比体系，构建起立体化的研究框架。
在技术层面，团队不断攻坚克难。为了深入解析有亲缘关系的个体，更好地对个体进行还原，研究人员用自动化方案降低污染，不断提高捕获效率，获得高质量数据。在数据阐释方面，研究人员通过大数据建模，融合考古数据，将遗传谱系与墓葬形制、殉葬形式等信息进行交叉验证与综合分析，最终解读出石峁社会的亲缘纽带和权力结构。
这项成果将不止于揭开石峁之谜，更标志着相关研究从对物的研究进入精准了解人的社会的全新阶段，为中华文明起源研究注入了强大的科技驱动力。
